Pipeto je treba redno vzdrževati glede na pogostost uporabe, vendar vsaj vsake 3 mesece preverite, ali je v pipeti prah in umazanija, posebno pozornost posvetite njenemu ustnemu stožcu. Dolgotrajno vzdrževanje zahteva čiščenje notranjosti pipete in ga mora razstaviti usposobljeno in usposobljeno osebje.
1. Čiščenje pipete
Pri notranjem čiščenju je treba najprej razstaviti spodnji del pipete. Razstavljene dele je treba oprati z milnico, detergentom ali 60-odstotnim izopropilnim alkoholom, nato sprati z dvojno destilirano vodo, posušiti in nato premazati z vatirano palčko po površini bata. Nanesite tanek sloj mazalnega silikona; tesnila na splošno ne potrebujejo čiščenja.
2. Sterilizacija pipet
Lahko se sterilizira s konvencionalno visokotemperaturno in visokotlačno sterilizacijo ali sterilizacijo z ultravijoličnim obsevanjem.
3. Odstranitev kontaminiranih nukleinskih kislin na pipeti
Razstavljene notranje in zunanje tulce iz spodnjega dela pipete namočite v čistilni raztopini pri 95 stopinjah za 30 minut, nato sperite rokave z dvojno destilirano vodo, posušite pri 60 stopinjah ali popolnoma posušite in jih na koncu položite v bat. Na površino nanesite mazivo (silikon) in sestavite dele.